Игрокам предстоит оказаться в 2011 году — за двенадцать месяцев до событий, развернувшихся в оригинальной игре. По сюжету группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны — Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. В результате него выброс аномальной энергии изменяет Зону. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий, но на карте Зоны появляются новые места.

Также между различными группировками разгорается вражда за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Главный герой — наемник, оказавшийся в центре противостояния между фракциями сталкеров, Стрелком и самой Зоной. Игрокам в его роли предстоит сыграть основную роль в событиях, которые привели к той точке, с которой начинается оригинальная игра.

Заметим, что ибудет представлена в магазинах в трех вариантах. Первый - обычная экономичная джевел-упаковка. Второй - DVD-бокс с руководством пользователя и сборником рассказов "S.T.A.L.K.E.R. Тени Чернобыля". Третий - коллекционная коробка с руководством пользователя, сборником рассказов и диском с дополнительными материалами, а также эксклюзивным S.T.A.L.K.E.R.-набором, в который входит карта Зоны Отчуждения, светящийся артефакт, бензиновая зажигалка, нашивка группировки, бандана и жетон.

Из технических особенностей отметим улучшенную версию системы симуляции жизни, движок X-Ray v.1.5. с поддержкой эффектов DirectX 10, четыре режима сетевой игры по локальной сети и интернет.

"S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо" появится в продаже 22 августа 2008 года.